O Comitê de Ética da EPSJV foi criado em 19 de dezembro de 2006, pela Portaria n.º 018/2006 DIR-EPSJV, e autorizado pela Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP), em 10 de abril de 2007 (Cf. Ofício n.º 583).
Em essência, o propósito de um Comitê de Ética é zelar pelo respeito e proteção à dignidade e autonomia dos participantes das pesquisas, em sua dimensão física, moral e social. Faz parte da missão de um CEP garantir o direito ao consentimento livre e esclarecido para participação nos estudos, bem como a ponderação entre riscos e benefícios, tendo em vista os referenciais da bioética e da justiça social, dentre outros. Consequentemente, é papel também dos comitês atuar como instância de divulgação e educação sobre os princípios da ética na pesquisa, contribuindo para que os pesquisadores possam receber orientações para adequar seus estudos e prevenir problemas na condução e realização de pesquisas.
O CEP da EPSJV recebe, além das pesquisas propostas no âmbito desta instituição, os estudos oriundos do Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT/Fiocruz) e da Casa de Oswaldo Cruz (COC/Fiocruz). Tem seu colegiado composto por 15 membros, entre profissionais da própria Escola, do ICICT e da COC, além de 3 representante de usuários do Sistema Único de Saúde (SUS), indicado por conselhos de saúde e/ou de defesa de direitos. O papel deste colegiado é analisar ética e metodologicamente os protocolos encaminhados pelos pesquisadores e emitir pareceres, favoráveis ou não, acerca dos projetos de pesquisa que, de modo direto ou indireto, envolvam indivíduos ou coletividades, em sua totalidade ou em parte, incluindo o manejo de informações e materiais.